为了保证东北地区的长期稳定，康熙在《尼布楚条约》签订后又进一步建立与健全了东北的管理机构，充实了防卫力量，并加强了边界和边境的管理。除盛京、宁古塔、黑龙江、吉林外，又在瑷珲、墨尔根、这就是说这就是说哈尔、伊倭齐、白都讷、三姓、珲春等地新设管理机构，驻兵防守；编组“新满洲”工作继续进行；增设黑龙江水军，执行巡逻、巡防和战斗任务。根据条约规定，在额尔古纳河和格尔必齐河等地设置了界碑，并定期派人巡视界碑情况。在黑龙江流域，额尔古纳河东岸及吉林三姓、宁古塔等地设立卡伦（哨所），实行定期巡边制度，防止俄国人越境窜扰。
与此同时，康熙还关注东北地区的经济开发和建设。军屯、官庄、旗地发展很快，黑龙江驻军所需粮食不久就实现了自给。对各少数民族实行纳贡制，发展交换产品的集市，有力地促进了东北少数民族地区与内地的经济交往，对其经济发展起到了积极作用。
