苏颂水运仪象台完成后，在开封使用了三十四年。可是，让苏颂意想不到的是，在他去世二十多年以后，金兵打下开封，北宋灭亡，水运仪象台等天文仪器和北宋皇朝的大批图籍宝器被金兵缴获，被长途跋涉搬到了燕京（今北京），金兵把水运仪象台的零部件都拆了下来，原想把仪象台迁运燕京然后再重新装配使用，但由于经过长途搬运，一些零件已遭损坏或散失，又缺少有经验的能工巧匠，又因开封和燕京地纬度不同，地势差异，重新组装的水运仪象台从望筒中窥极星，要下移四度才能见到，连一般观察也不能进行了。
水运仪象台毁坏后，其影响依然存在。金与南宋都想再把它复制出来，秦桧就曾派人寻找苏颂后人并访求苏颂遗稿，还请教过朱熹，想把水运仪象台恢复起来，可是苏颂遗存的手稿因无人理解其中方法，以致无人能仿造，复制水运仪象台的事情经过历朝历代也始终没有成功。1958年，中国考古学家王振铎最先复原水运仪象台模型，并发表《揭开了中国“天文钟”的秘密》论文并绘制复原详图存世。该复原原件存放于中国历史博物馆；近年主要由苏州市古代天文计时仪器研究所复原并送至各地科技馆或天文馆收藏。从此，水运仪象台只能作为史书上的记载见证着中国古代天文仪器和机械制造所曾经达到的一个高峰。
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