赣西的瑞州、吉安、临江三府，也是湘军进攻的对象。吉安、临江的湘军由湘抚骆秉章节制，瑞州的军政则由福兴、文俊主持。但湘军各部之间的联络援应，仍由居丧在家的曾国藩与在任的胡林翼暗中掌控，在骆秉章幕中的左宗棠也积极参与规划协调。湘军在赣西采取多路并进、长围坐困、雕剿打援等战术，并利用太平军与新附广东天地会花旗军之间的矛盾，进行分化瓦解，攻占了太平军大片土地。1857年8月，瑞州守将赖裕新被迫突围。赣西战场形势急转直下。远在安庆遥控指挥的石达开只得于10月率军南渡，进入江西。但石达开的到来也未能挽救赣西战场的颓势。1858年1月，临江守军又被迫突围。石达开经营江西的意图无法实现，于4月率军进入浙江。10月，太平军在江西的最后一个基地吉安失守。
安徽与天京附近战场。
安徽处于太平天国占领区的腹地，其战场形势相对要好一些。但皖南方面，处于敌军攻击或围困下的泾县、宁国守军已先后于1856年12月间撤出。在陈玉成等率军北渡后，南陵、湾沚、黄池等重要据点亦相继弃守，只剩下芜湖、繁昌、青阳等沿江州县。
皖北方面，清军以庐州为依托，趁天京变乱之机，先后夺取了三河、庐江、无为、巢县、和州等州县或重要据点，并大举向桐城发起攻击。桐城乃安庆门户，坚守该城的正是此时已崭露头角的李秀成。1857年初，他与陈玉成等在枞阳会议，决定李“亲回桐邑，谨备制敌之师”；而由陈“出奇兵”，突入巢湖地区，获胜后再会师桐城。据李秀成回忆：